As Secretarias da UMMSP são instâncias permanentes, de caráter consultivo, que têm por objetivo articular os segmentos que se organizam no âmbito da entidade para aprofundar temas ou organizar ações, agendas e pautas comuns em sintonia com a coordenação estadual da entidade. Assim, as Secretarias possuem um caráter setorial e buscam fortalecer a incidência e a transversalidade do tema do Direito à Moradia Digna, da Autogestão, da Participação e da Reforma Urbana sobre cada seguimento articulado.

Todas as Secretarias possuem facilitadores ou facilitadoras para ajudar na articulação de cada seguimento e definem sua pauta estratégica de discussão a cada Encontro Estadual da UMMSP.